loading...

Hepatitis C Virus Genotype by Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) Followed by Hybridization with Sequence-Specific, Fluorescent-Labeled Oligonucleotide Probes

نام اختصاری:HCV Genotype  

سایر نام ها:

Hepatitis C Virus Genotype, Serum, HCV Genotype, S, HCVG, HCV Genotyping

بخش انجام دهنده: بیولوژی مولکولی (Department of Molecular Biology)

نوع نمونه قابل اندازه گیری: سرم یا پلاسما

حجم نمونه مورد نیاز:5 ml

شرایط نمونه گیری:

  1. نیاز به ناشتایی نمی باشد.
  2. نمونه گیری باید در شرایط استریل انجام شود.

ملاحظات نمونه گیری:

  1. لازم است نمونه گیری در شرایط استریل و در لوله های جمع کننده یا پلاستیکی استریل و یا لوله های حاوی ماده ضد انعقاد صورت گیرد.
  2. ماده ضد انعقاد مورد نیاز برای جمع آوری پلاسما می تواند EDTA یا سیترات باشد.
  3. پس از نمونه گیری باید سرنگ و سر سرنگ در یک سطل ایمنی (Safety Box ) جمع آوری گردیده و سپس سوزانده شود.
  4. از لوله های مخصوص و یکبار مصرف برای جمع آوری نمونه استفاده شود.
  5. پس از نمونه گیری باید لوله حاوی نمونه سانتریفیوژ شود و در ادامه پس از جدا سازی سرم یا پلاسما، بلافاصله نمونه در فریزر قرار گیرد و تا انجام مراحل بعدی که مربوط به استخراج RNA و PCR می باشد، در ºC 20 نگهداری شود.
  6. محل نمونه گیری از لحاظ خونریزی بررسی شود.
  7. در صورت نمونه گیری در خارج از آزمایشگاه، نمونه باید در شرایط خنک و سرد و طی کوتاه ترین زمان ممکن به آزمایشگاه ارسال شود.

موارد عدم پذیرش نمونه:

  1. نمونه گیری نادرست و در شرایط غیر استریل.
  2.  قرار دادن نمونه در درجه حرارت بالا و ذوب و فریز مکرر نمونه.
  3.  در این آزمایش از نمونه های هپارینه نمی توان استفاده کرد (هپارین با غلظت بیش از 10 واحد در میلی لیتر سبب مهار می شود). همچنین نمونه بیماران تحت درمان با هپارین نیز برای PCR مناسب نیست.

شرایط نگهداری:

  1. سرم یا پلاسما باید طی چند ساعت اولیه پس از خون گیری جدا سازی شده و تا زمان انجام  آزمایش، در دمای ºC 20- نگهداری شود. 
  2.  جهت حمل و نقل نمونه لازم است نمونه در شرایط سرد حمل شود.
  3. در صورت نبود شرایط برای انتقال نمونه در 24 ساعت اولیه، نمونه را در oC 20- فریز نمایید.

کاربردهای بالینی:

  1. تعیین ژنوتایپ ویروس هپاتیت C جهت راهنمایی برای درمان بیماران مبتلا به هپاتیت C مزمن.
  2. تفکیک میان زیر گروه های 1a و 1b ویروس هپاتیت C از یکدیگر.

اطلاعات تکمیلی:

ویروس هپاتیت C عامل اصلی بیماری کبدی مزمن بوده و معمولاً به سیروز کبدی ختم می شود و می تواند خطر ایجاد کارسینومای سلول کبدی را افزایش دهد. عفونت مزمن با HCV حدود 170 میلیون نفر را در دنیا آلوده نموده است که حدود 20 تا 30 درصد مبتلایان در نهایت به سیروز کبدی و در ادامه کارسینومای سلول کبدی دچار می شوند.

ویروس هپاتیت C در خانواده فلاوی ویریده در جنس هپاسی ویروس قرار داده شده است. ویروس های گوناگون این گروه را می توان بر اساس تمایز توالی RNA، حداقل به 6 ژنوتایپ و بیش از 90 زیر تایپ تقسیم نمود.

بر اساس مطالعات بالینی، تیتر ویروس در خون بیمار قبل از شروع درمان و همچنین ژنوتایپ ویروس مجموعاً مهم ترین عواملی هستند که در انتخاب رژیم درمانی و پیش بینی پاسخ بیمار به درمان مؤثر می باشند. به همین دلیل پس از تشخیص عفونت بیمار با این ویروس، تعیین تیتر و ژنوتایپ الزامی است. به علاوه از آنجا که ژنوتایپ های HCV توزیع و شیوع جهانی یکسانی ندارند، تعیین ژنوتایپ در مطالعات اپیدمیولوژی نیز حائز اهمیت است.

روش مرجع: -

روش ارجح: Real-Time RT – PCR

سایر روشها:RT – PCRConventional

مقادیر طبیعی: RNA ویروس  HCV در نمونه های سرم یا پلاسمای افراد سالم وجود ندارد و نباید ردیابی شود.

مقادیر قابل سنجش:در 95 درصد مواردی که تیتر ویروس در نمونه مورد آزمایش بیش از 25 کپی در میکرولیتر باشد، ژنوتایپ آن قابل تعیین است. در صورت کاهش تیتر نمونه به کمتر از این مقدار، با ضریب اطمینان پایین تر تایپ ویروس قابل تشخیص و تعیین خواهد بود.

تفسیر:

بر اساس توالی نوکلئوتیدی در منطقه مشخصی از ژنوم HCV (5" – noncoding, core, NS5b)، این ویروس را می توان به 6 ژنوتایپ اصلی تقسیم نمود. ردیابی ویروس در نمونه مورد آزمایش به وسیله PCR نیز، بر اساس تکثیر نواحی اختصاصی از ژنوم ویروس صورت می گیرد و هر یک از ژنوتایپ ها سبب افزایش تابش فلوئورسانس در کانال مخصوص به خود می شود و آنالیز نتایج بر این اساس که نمونه بیمار در کدام یک از کانال ها دارای منحنی سیگموئیدی باشد صورت می گیرد.

عوامل مداخله گر :

  • هپارین در مقادیر بالا در این آزمایش تداخل ایجاد می کند.
  • نمونه گیری و جداسازی پلاسما یا سرم در شرایط غیر استریل می تواند منجر به ایجاد نتایج مثبت کاذب گردد.
  • فضاهای مربوط به استخراج RNA، آماده سازی مواد مورد نیاز واکنش و فضای افزودن نمونه RNA به لوله PCR، برای جلوگیری از ایجاد نتایج مثبت کاذب باید از هم جدا باشند.
  • سطوح کار باید همواره قبل از شروع و پس از پایان کار با دستمال آغشته به الکل 70% و یا وایتکس 10% تمیز شود.

توضیحات:

  • نتیجه «Undetected»  نشان می دهد که RNA ویروس هپاتیت  (HCV) C در نمونه یافت نشده است.
  • نتایج کمی بیان شده به واحد IU/mlنشان دهنده میزان فعالیت ویروس HCV و تکثیر آن در بیمار است.
  • نتایج کمی بر پیشرفت بیماری در عفونت HCV مزمن و یا پاسخ به درمان ضد HCV نظارت می کند.
  • ارزیابی آزمایشگاهی وضعیت عفونت HCV باید با آزمایشات سرولوژیک  HCV آغاز گردد. از جمله، آزمایش از نظر وجود HCV-Ab  مورد ارزیابی قرار گیرد.
  • تشخیص عفونت مزمن  HCV و در نتیجه تعیین ژنوتایپ ویروس با حضور مقادیر قابل تشخیص و سنجش RNA  ویروس در نمونه مورد آزمایش امکان پذیر است.
  • در صورت عدم وجود RNA ویروس در نمونه سرم بیمار و مثبت بودن HCV-Ab ، احتمال آلودگی به ویروس HCV رد نمی گردد.

          منابع :

  1. سایت مایو کلنیک: .  http://www.mayomedicallaboratories.com/test-catalog/Overview/81618
  2. میکروبیولوژی پزشکی جاوتز، گنو اف. بروکس، ت مهدی خزعلی، نشر حیان، 2004ISBN: 964-460-800-3

3. Chakravarti A, Dogra G, Verma D, Srivastava AP, Distribution pattern of HCV genotypes & its association with viral load, Indian J Med Res 133, March 2011, pp 326-331

Kit Real time RT PCR handbook, Novin Gene4. HCV Genotype  RG

5. Geno Sen's HCV Genotyping 1/2/3/4 (Rotor Gene) Qualitative Real time PCR Kit.

سازمانهای طرف قرارداد

 آزمایشگاه پاتوبیولوژی پارت

آزمایشگاه پاتوبیولوژي پارت اصفهان مجهز به دستگاه ها و تجهیزات پیشرفته و نوین روز دنیا و همچنین استفاده از بهترین متخصصین آزمایشگاهی و سالها تجربه سرعت و کیفیت بالای انجام آزمایشات را تضمین می نماید.

آزمایشگاه پاتوبیولوژي پارت اصفهان مجهز به دستگاه ها و تجهیزات پیشرفته و نوین روز دنیا و همچنین استفاده از بهترین متخصصین آزمایشگاهی و سالها تجربه سرعت و کیفیت بالای انجام آزمایشات را تضمین می نماید. 

اطلاعات تماس

تلفن : 03132240932-3
فکس:  32240953
آدرس اصفهان - شمس آبادی - جنب بیمارستان سینا- بن بست شهریار -ساختمان مجید -واحد1